Sau khi tốt nghiệp Exeter năm 2002, Zuckerberg theo học tại Đại học Harvard.[12] Vargas lưu ý rằng vào thời điểm Zuckerberg bắt đầu học tại Harvard, anh đã vang danh như một "một thần đồng lập trình". Anh nghiên cứu về tâm lý học và khoa học máy tính với các vấn đề liên quan đến Alpha Epsilon Pi và Kirkland House.[9][16][21] Năm thứ hai, ông viết một chương trình mà ông gọi là CourseMatch, cho phép người dùng đưa ra các quyết định chọn lớp dựa trên sự lựa chọn của các sinh viên khác và cũng giúp họ thành các nhóm nghiên cứu. Một thời gian ngắn sau đó, ông đã tạo ra một chương trình khác mà ông gọi là Facemash cho phép sinh viên lựa chọn người đẹp nhất từ ​​một số bức ảnh. Nhà trường sau đó quyết định dừng trang web của ông vì cho rằng nó không phù hợp.[22]

Các học kỳ sau, vào tháng 1 năm 2004, Zuckerberg đã bắt đầu viết mã cho một trang web mới.[23] Vào ngày 4 tháng 2 năm 2004, Zuckerberg tung ra "Thefacebook", ban đầu được đặt tại thefacebook.com.[24] Zuckerberg đã bỏ Harvard vào năm thứ hai để hoàn thành dự án của mình.[25]

Vào ngày 28 tháng 5 năm 2017, Zuckerberg nhận được bằng danh dự từ Harvard.[26][27]